ഏഴാം നൂറ്റാണ്ടു മുതല്‍ തന്നെ ഇന്ഡ്യന്‍ ഉപഭൂഗണ്ഡത്തില്‍ മുസ്ലീം ലോകത്തു നിന്നുള്ള ആക്രമണം ആരംഭിച്ചുവെന്കിലും 1193 -ല്‍ മുഹമ്മദ് ഗോറി, പൃഥിരാജ് ചൗഹാനെ പരാജയപ്പെടുത്തുന്നതോടെയാണ് സുസ്ഥിരമായ ഒരു ഇസ്ലാമിക ഭരണം ഭാരതത്തില്‍ തുടങ്ങുന്നത്. തുടര്‍ന്നുള്ള മുസ്ലിം ഭരണകാലത്തും ഇത്തരത്തിലുള്ള ആക്രമണങ്ങള്‍ തുടര്‍ന്നിരുന്നു, 1739 -ല്‍ നാദിര്‍ ഷായുടെ ആക്രമണം വരെ. എന്നാല്‍ ഇസ്ലാമിക ഭരണത്തിനും ആക്രമണങ്ങള്‍ക്കും കീഴില്‍ ഏറ്റവും ദുരിതങ്ങള്‍...അനുഭവിച്ചത് ഹിന്ദുക്കള്‍ ആയിരുന്നു.
എന്നാൽ മുഗൾ കാലഘട്ടം മുതല്‍ ചരിത്രം കുറച്ചുകൂടി വ്യക്തമാണ്. തന്റെ തൈമൂര്‍ ജെന്കിസ്ഖാന്‍ പാരമ്പര്യത്തിന് ചേര്‍ന്നവിധം ആദി മുഗളനായ ബാബര്‍ യുദ്ധത്തില്‍ തോറ്റ രജപുത്ര പോരാളികളുടെ ശിരസ്സുകൊണ്ട് സ്തൂപങ്ങള്‍ തീര്‍ത്തിരുന്നു.1527 -ല്‍ രണസംഘയെ പരാജയപ്പെടുത്തിയപ്പോഴും പിന്നീട് ചന്ദേരി കോട്ട കീഴടക്കിയപ്പോഴും ബാബര്‍ ഇത് ആവര്‍ത്തിച്ചു.
പ്രൊ: കെ. എസ്. ലാല്‍ തന്റെ 'മദ്ധ്യകാല ഭാരതത്തിലെ മുസ്ലിം ജനസംഖ്യാ വളര്‍ച്ച' എന്ന പുസ്തകത്തില്‍ കൃസ്തുവര്‍ഷം 1000-നും 1525-നും (മുഗള്‍ ഭരണം തുടങ്ങുന്നതു വരെ) ഇടയ്ക്ക് ഏകദേശം 80 ദശലക്ഷം ഹിന്ദുക്കള്‍ക്ക് തങ്ങളുടെ വിശ്വാസത്തിന്റെ പേരില്‍ ജീവന്‍ നഷ്ടപ്പെടുകയുണ്ടായി എന്നു പറയുന്നു. (ഈ സംഖ്യ ഊതിപ്പെരുപ്പിച്ചതാണെന്ന് ആക്ഷേപമുണ്ട്. എന്കിലും പ്രൊ: ലാലിന്റെ നിഗമനങ്ങള്‍ പൂര്‍ണ്ണമായും തെറ്റാണെന്ന് എതിര്‍ഭാഗവും പറയുന്നില്ല.)
മുഗള്‍ ചക്രവര്‍ത്തിമാരുടെ ഇടയിലെ പ്രജാതല്പരനും മതസഹിഷ്ണുവുമായി അറിയപ്പെടുന്ന അക്ബര്‍ ചക്രവര്‍ത്തിയുടെ കാര്യമെടുക്കാം. അക്ബര്‍ ഒരു കൗമാരക്കാരനായിരിക്കുന്ന സമയത്താണ് ഹിന്ദു രാജാവായ ഹേമുവിനെതിരെ രണ്ടാം പാനിപ്പട്ട് (1556) യുദ്ധം നടക്കുന്നത്. മുഖ്യമന്ത്രിയായിരുന്ന ബൈറാം ഖാനായിരുന്നു അക്ബറിന്റെ രക്ഷിതാവും ഗുരുവും. യുദ്ധത്തില്‍ ഗുരുതരമായി പരുക്കേറ്റ ഹേമുവിനെ പടയാളികള്‍ അക്ബറിന്റെ മുന്നിലെത്തിച്ചു. 'കാഫിറുകളെ നശിപ്പിക്കുന്നവന്‍' എന്നര്‍ത്ഥം വരുന്ന 'ഘാസി' പദവി ലഭിക്കാന്‍ അക്ബര്‍ അബോധാവസ്ഥയിലായിരുന്ന ഹേമുവിനെ ഗളശ്ചേദം ചെയ്തു. തുടര്‍ന്ന് ബൈറാം ഖാന്റെ നിര്‍ദ്ദേശാനുസരണം പതിനായിരക്കണക്കിനു വരുന്ന രജപുത്ര പോരാളികളെ വധിക്കുകയും അവരുടെ തലയുപയോഗിച്ച് കീര്‍ത്തിസ്തംഭം നിര്‍മ്മിക്കുകയും ചെയ്തു. ഹേമുവിന്റെ പിതാവ് ഇസ്ലാമിലേക്ക് മതം മാറാന്‍ വിസമ്മതിച്ചപ്പോള്‍ അദ്ദേഹത്തേയും വധിച്ചു.

ഇതേ ക്രൂരത പിന്നീട് 1568 -ല്‍ ചിത്തോര്‍ കോട്ട കീഴടക്കിയപ്പോഴും അക്ബര്‍ ആവര്‍ത്തിച്ചു. കോട്ടയിലുണ്ടായിരുന്ന 30,000 സാധാരണ ജനങ്ങളെ വധിക്കാന്‍ അക്ബര്‍ ഉത്തരവു നല്കി.
എന്നാല്‍ മറ്റു മുസ്ലിം ഭരണാധികാരികളെ അപേക്ഷിച്ച്, മുതിര്‍ന്ന അക്ബര്‍ ഹിന്ദുക്കളോട് താരതമ്യേന മൃദുനിലപാടാണ് സ്വീകരിച്ചിരുന്നത്. ആരാധനാവകാശത്തിന് അമുസ്ലീംങ്ങള്‍ക്ക് ഏര്‍പ്പെടുത്തിയിരുന്ന അധികനികുതി അദ്ദേഹം നിര്‍ത്തലാക്കി. അതുപോലെ മറ്റു ചക്രവര്‍ത്തിമാരില്‍ നിന്നും വിഭിന്നമായി തന്റെ സദസ്സിലും സര്‍ക്കാരിലും അമുസ്ലീംങ്ങള്‍ക്ക് സാമാന്യം പ്രാതിനിധ്യം നല്കുകയുമുണ്ടായി. എന്നാലിതൊക്കെ ഒരു മുസ്ലീം ഭരണാധികാരിയുടെ സഹിഷ്ണുത എന്നതിനേക്കാള്‍, അദ്ദേഹത്തിന് ഇസ്ലാമിലുള്ള തീവ്രവിശ്വാസം നഷ്ടമായതിന്റെ ഫലമായാണെന്നു വേണം കരുതാന്‍. അദ്ദേഹത്തിന്റെ ഇസ്ലാമിക വിശ്വാസം കുറഞ്ഞു എന്നു കരുതാന്‍ പ്രധാനമായും രണ്ട് കാരണങ്ങളുണ്ട്. ഒന്ന്: അദ്ദേഹം സ്വന്തമായി ഒരു മതം സ്ഥാപിച്ചു. (ദില്‍ ഇലാഹി) ഇതിന് എന്തൊക്കെ ന്യായീകരണങ്ങള്‍ ഉന്നയിച്ചാലും ഒരു ഇസ്ലാം വിശ്വാസി പുതിയ വിശ്വാസം സ്വീകരിക്കുന്നത് അനിസ്ലാമികമായേ കരുതാനാവൂ. രണ്ട്: ഭാര്യമാരുടെ കാര്യത്തില്‍ മത നേതൃത്വവുമായുണ്ടായ ഇടച്ചിലുകള്‍. അക്ബറിന് സാന്കേതികമായുള്ള ഭാര്യാപദത്തില്‍ 300 ഉം അതു കൂടാതെ അന്തപ്പുരത്തില്‍ അയ്യായിരത്തോളവും സ്ത്രീകള്‍ ഉണ്ടായിരുന്നു. ശരി-അത്ത് നിയമപ്രകാരം അത് അംഗീകരിക്കാന്‍ തയ്യാറാകാതിരുന്ന സുന്നി വിഭാഗക്കാരനായ കാസിയെ പുറത്താക്കി പകരം ഒരു ഷിയ പുരോഹിതനെ നിയമിച്ചു.

അക്ബറിനു ശേഷം വന്ന മുഗള്‍ ചക്രവര്‍ത്തിമാരൊക്കെ, ഹിന്ദു വിവേചനം തുടരുകയാണ് ചെയ്തത്. ആരാധനാ സ്വാതന്ത്ര്യത്തിന് നികുതി പുനസ്ഥാപിച്ചു. സര്‍ക്കാര്‍ സ്ഥാനങ്ങളില്‍ നിന്ന് അമുസ്ലീംങ്ങളെ പൂര്‍ണ്ണമായും ഒഴിവാക്കി. സാധാരണ നികുതികള്‍ മുസ്ലീമുകള്‍ക്ക് ഒഴിവാക്കി നല്കിയപ്പോള്‍ ഹിന്ദുക്കള്‍ക്ക് അധികനികുതികള്‍ ചുമത്തി. ഹിന്ദുക്കളായ കുറ്റവാളികള്‍ക്ക് ഇസ്ലാം സ്വീകരിച്ചാല്‍ കുറ്റവിമോചനം, അതുപോലെ മതം മാറിയാല്‍ കരം പിരിക്കാനുള്ള അധികാരം മുതലായ ആനുകൂല്യങ്ങള്‍ പ്രഖ്യാപിക്കപ്പെട്ടു.

ഉത്തര ഭാരതത്തില്‍ മുസ്ലിം ഭരണകൂട ഭീകരത അസ്തമിച്ചു തുടങ്ങിയപ്പോള്‍ ദക്ഷിണഭാരതത്തില്‍ അതു തുടങ്ങുന്നതേ ഉണ്ടായിരുന്നുള്ളൂ. 1782 മുതല്‍ 1799 വരെ പതിനാറര വര്‍ഷമേ ഭരണത്തില്‍ ഉണ്ടായിരുന്നുള്ളൂ എന്കിലും മൈസൂറിലെ ഭരണാധികാരിയായിരുന്ന ടിപ്പു സുല്‍ത്താന്‍ അനുവര്‍ത്തിച്ചിരുന്ന മത പീഢനം എല്ലാ ക്രൂരതകളേയും അതിലംഘിക്കുന്നതാണ്. സമകാലികരായ ഹൈദ്രാബാദിലെ നൈസാമിനെപ്പോലെ തന്നെ ഹിന്ദുക്കള്‍ക്കുള്ള അധിക നികുതികളും അവരെ ഔദ്യോഗികസ്ഥാനങ്ങളില്‍ നിന്ന് ഒഴിവാക്കലും വിവേചനത്തിന്റെ ചെറിയ വശങ്ങള്‍ മാത്രം. തന്റെ ആക്രമണ ഭരണപ്രദേശങ്ങളിലെ ക്ഷേത്രങ്ങള്‍ നശിപ്പിക്കുകയും കൊള്ളയടിക്കുകയും ടിപ്പുവിന്റെ പതിവായിരുന്നു. ടിപ്പുവിന്റെ ഭരണത്തിന്‍ കീഴില്‍ ശ്രീരംഗപട്ടണത്ത് രണ്ടേ രണ്ടു ക്ഷേത്രങ്ങളിലേ ദിവസപൂജയുണ്ടായിരുന്നുള്ളൂ. അത്ഭുതകരമെന്നു പറയട്ടെ, ടിപ്പുവിന്റെ പ്രധാനമന്ത്രി പൂര്‍ണ്ണയ്യ എന്നൊരു ബ്രഹ്മണനായിരുന്നു. പൂര്‍ണ്ണയ്യയുടെ സ്വാധീനം മൂലമുണ്ടായ ജ്യോതിഷവിശ്വാസമാണ് ഈ രണ്ടു ക്ഷേത്രങ്ങളെ നിലനിര്‍ത്താനും സാമ്പത്തിക സഹായം നല്കാനും (ടിപ്പുവിന്റെ മതസഹിഷ്ണുതയ്ക്ക് പലരും ഉയര്‍ത്തിക്കാട്ടുന്ന ഉദാഹരണം.) ടിപ്പുവിനെ പ്രേരിപ്പിച്ചത്.

പടയോട്ടം എന്ന് അറിയപ്പെടുന്ന ടിപ്പുവിന്റെ കേരളാധിനിവേശം കേരള ചരിത്രത്തിലെ ഏറ്റവും ഭീകരമായ കാലഘട്ടമാണ്. പിതാവ് ഹൈദര്‍ അലിയുടെ ആക്രമണങ്ങളുടെ തുടര്‍ച്ചയായാണ് ടിപ്പുവിന്റെ പടയോട്ടം. അക്രമണ വഴിയിലുള്ള എല്ലാ ക്ഷേത്രങ്ങളും കൃസ്ത്യന്‍ പള്ളികളും തകര്‍ക്കപ്പെടുകയും കൊള്ളയടിക്കപ്പെടുകയും ചെയ്തു. ഉത്തര കേരളത്തിലെ പ്രസിദ്ധമായ എല്ലാ ക്ഷേത്രങ്ങളും തന്നെ ടിപ്പുവിന്റെ ആക്രമണത്തിനു ഇരയായതാണ്. പാലയൂര്‍ പള്ളിയും മമ്മിയൂര്‍ ക്ഷേത്രവും തകര്‍ത്ത് ടിപ്പുവിന്റെ പട ഗുരുവായൂര്‍ ക്ഷേത്രം വരെ എത്തിയെന്കിലും ഹൈദരാലിയുടെ അനുചരനും തദ്ദേശവാസിയുമായ ഒരു ഹൈദ്രോസ് കുട്ടിയുടെ ഇടപെടല്‍ മൂലം ആക്രമണം ഒഴിവാക്കാപ്പെട്ടു. (എന്കിലും രക്ഷയെക്കരുതി ഗുരുവായൂരെ വിഗ്രഹം അമ്പലപ്പുഴയ്ക്ക് ഒളിച്ചു കടത്തുകയും നാളുകളോളം അവിടെ സൂക്ഷിക്കുകയും ചെയ്തെന്ന് പറയുന്നു.)
ഹിന്ദു പുരുഷന്മാരെ നിര്‍ബന്ധിതമായി സുന്നത്തിന് വിധേയമാക്കുക ടിപ്പുവിന്റെ ഒരു രീതിയായിരുന്നു. ഇസ്ലാം മതം സ്വീകരിക്കുക അല്ലെന്കില്‍ മരിക്കുക, ഇതായിരുന്നു പടയോട്ടക്കാലത്ത് അമുസ്ലീംങ്ങള്‍ക്ക് തിരഞ്ഞെടുക്കുവാനുണ്ടായിരുന്നത്