ഭരണ പരിഷ്കാര കമ്മീഷന് ചെയര്മാന് ജസ്റ്റീസ് കെ.ടി തോമസിനെതിരെ പ്രതിഷേധവുമായി ഓര്ത്തഡോക്സ് സഭ. സഭാ തര്ക്കം തീര്ക്കാനായി ജസ്റ്റിസ് കെ.ടി.തോമസ് മുന്നോട്ട് വച്ച നിര്ദ്ദേശങ്ങളില് ആണ് സഭയ്ക്ക് പ്രതിഷേധം . ഇതിന്റെ ഭാഗമായി സഭയുടെ പള്ളികളില് പ്രമേയം വായിച്ചു. പ്രമേയം മുഖ്യമന്ത്രി പിണറായി വിജയന് കത്തായി അയയ്ക്കും.
തര്ക്കമുള്ള പള്ളികളില് ഹിത പരിശോധന നടത്തണമെന്നും ഭൂരിപക്ഷം കിട്ടുന്നവര്ക്ക് പള്ളികള് വിട്ടു കൊടുക്കണമെന്നും ഭരണ പരിഷ്കാര കമ്മീഷന് ശുപാര്ശ ചെയ്തിരുന്നു.ഇത് ജസ്റ്റിസ് കെ.ടി.തോമസിന്റെ യാക്കോബായ വിഭാഗത്തെ പിന്താങ്ങുന്ന നിലപാടെന്നാണ് വിമര്ശനം. മലങ്കര അസോസിയേഷന് സെക്രട്ടറി ബിജു ഉമ്മനാണ് പ്രതിഷേധ പ്രമേയമെന്ന നിര്ദ്ദേശം പള്ളികള്ക്ക് നല്കിയിരിക്കുന്നത്.
കോടതി വിധികള് എല്ലാം ഓര്ത്തഡോക്സ് സഭയ്ക്ക് അനുകൂലമാണ്. മറുവിഭാഗത്തിന്റെ എല്ലാ വാദങ്ങളും കോടതി തള്ളിയതാണ്. എന്നിട്ടും ജസ്റ്റിസ് തോമസിന്റെ നിര്ദ്ദേശങ്ങള് യാക്കോബായ വിഭാഗത്തെ പിന്താങ്ങുന്നതാണെന്ന് ഓര്ത്തഡോക്സ് സഭ വിമര്ശിക്കുന്നു.